本妙寺は、熊本市西区の熊本城北西に位置する日蓮宗六条門流の寺院で、大本山本圀寺から「六条門流九州総導師」という特別な寺格を授与されています。山号は発星山で、本尊は十界曼荼羅です。加藤清正を祀る浄池廟（じょうちびょう）で有名であり、親師法縁としても信仰されています。浄池廟の奥には長い石段があり、その先には清正の銅像が建てられています。
本妙寺の境内は仁王門を通ることで始まります。この巨大な仁王門は鉄筋コンクリート造で、出雲大社の大鳥居で知られる小林徳一郎の寄進により1920年（大正9年）に建立されました。現在、この門は国の登録有形文化財に指定されています。仁王門をくぐると、桜並木の長い参道が続き、両側には12の塔頭が整然と並んでいます。
参道を進むと、右手には本妙寺の大本堂（勅願道場）があり、その先には176段の急勾配の石段「胸突雁木（むなつきがんぎ）」がそびえます。この石段の中央には、信者から寄進された多数の石灯籠が並び、参道を美しく彩っています。この石段を登りきると、浄池廟が姿を現し、境内には清正の遺品や加藤・細川家に関する文書、工芸品、国の重要文化財を含む約1400点の宝物が収蔵・展示されています。
浄池廟の裏手には、さらに300段の石段があり、鑓を持ち長烏帽子形兜を被った加藤清正の銅像が立っています。ここからは熊本市内を一望できる美しい景色が広がり、清正公の偉大さを感じさせる壮大な眺めが楽しめます。
毎年、加藤清正の命日である7月24日の前夜には、僧侶や信者たちが写経した法華経を奉納する「頓写会（とんしゃえ）」が行われます。この行事は10万人以上の参拝客で賑わい、本妙寺の最も大きなイベントの一つとなっています。頓写会は、清正の一周忌に本妙寺の第三世住職である日遥が一夜で法華経を写経し、供養したことが起源とされています。
本妙寺は1585年（天正13年）、加藤清正の父・清忠の冥福を祈るために日真の開山により大阪で創建されました。その後、清正が熊本城主となった1600年（慶長5年）に熊本城下の瑞龍院に移されました。1611年に清正が亡くなった際、その遺言により中尾山の浄池廟に清正像が奉安されました。
1614年（慶長19年）、火災で本妙寺は焼失しましたが、その後、現在地である浄池廟下に移転しました。明治時代には神仏分離令が発布され、浄池廟と本妙寺は神社と寺として分けられ、加藤神社が設立されました。西南戦争で大本堂と浄池廟は焼失しましたが、1894年（明治27年）に再建され、現在の姿になりました。
かつて本妙寺の参道にはハンセン病患者が集まり、参拝者に喜捨を求めていました。この習慣は江戸時代から続いていたとされ、正式な記録には1871年（明治4年）のものがあります。戦後も患者たちは本妙寺の参道に立つことがありましたが、1940年（昭和15年）に患者の強制収容が行われ、本妙寺事件として知られています。これは、無癩県運動や戦争準備の一環として行われたもので、患者たちは草津楽泉園などに移送されました。
仁王門は2016年の熊本地震により被災し、現在は通行止めとなっています。修復を目的としたクラウドファンディングも開始されました。
本妙寺には12の塔頭があり、それぞれが個別に創建されました。たとえば、本是山静明院は天正年間に開創され、開山妙音院日領により発展しました。他の塔頭も、それぞれに独自の歴史を持ち、境内の景観を彩っています。
本妙寺の別院である清正公寺は、東京都中央区日本橋浜町にあります。1861年に加藤清正の霊を分霊して創建されました。明治維新後には「加藤神社」と称し、その後「清正公堂」と改称されました。